O compromisso com as liberdades também marca a história do Estado. O jornal foi censurado no fim da 1.ª Guerra e, em seguida, na Revolução de 1924, quando os paulistas se levantaram contra o presidente Artur Bernardes. Após a morte de Julio Mesquita, seus sucessores Julio de Mesquita Filho e Francisco Mesquita também sofreram represálias no governo Getúlio Vargas. Foram presos e deportados para Portugal, após a derrota da Revolução Constitucionalista de 1932.
O Estado e o Jornal da Tarde resistiram ao Ato Institucional n.º 5 (AI-5), de 13 de dezembro de 1968, e se recusaram a fazer autocensura. Como os censores não permitiam que houvesse espaço em branco, o jornal publicou poemas, como versos de Os Lusíadas, de Camões, enquanto o JT usou receitas de bolos e doces para preencher o vazio no lugar do material cortado. A censura só acabou em 4 de janeiro de 1975, quando o Estado comemorava seus 100 anos de fundação.
Em 8 de novembro de 2018, o jornal se livrou de outro longo período de censura, agora judicial, que vigorava desde 31 de julho de 2009. O Estado estava proibido de publicar trechos da Operação Boi Barrica, com denúncias de supostas irregularidades praticadas pelo empresário Fernando Sarney, filho do ex-senador e ex-presidente José Sarney. A decisão de pôr fim à censura foi do ministro Ricardo Lewandowski, do Supremo Tribunal Federal. Foram 3.327 dias de censura determinada pelo Tribunal de Justiça do Distrito Federal e Territórios.
