Nomeado secretário nacional de Justiça como resultado de uma equação política que culminou com a migração de seu pai, o senador Romeu Tuma, do oposicionista DEM para o PTB, integrante da base aliada, o delegado Tuma Júnior criou arestas no ministério.
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No início de sua gestão, em 2007, foi acusado de desmantelar por interesses políticos o Departamento de Recuperação de Ativos e Cooperação Jurídica Internacional (DRCI). Na época, em carta renúncia ao então ministro da Justiça, Tarso Genro, a diretora-geral do órgão, Maria Rosa Guimarães Lola, atacou a politização do DRCI.
Suspeitava-se que Tuma Júnior comandava investigações sensíveis, envolvendo políticos e empresários, para extrair supostos benefícios. O hoje ministro da Justiça, Luiz Paulo Barreto, na ocasião secretário executivo da pasta, defendeu o subordinado.
A Secretaria Nacional de Justiça é um braço operacional do ministério, com atribuições que vão de investigações que envolvam contas de brasileiros no exterior, tocadas pelo DRCI, a assuntos relacionados à nacionalidade e naturalização de estrangeiros.
Tuma também foi um dos destinatários do dossiê sobre supostas contas no exterior do senador Marconi Perillo (PSDB-GO). Na ocasião, como revelou o Estado em abril, começou a tramitar no DRCI um processo destinado a mapear existência das contas, que de acordo com papéis em poder do governo seriam mantidas em bancos dos Estados Unidos, Suíça e paraísos fiscais do Caribe.
