Duas fotos publicadas pela imprensa carioca no dia 25 de março de 1964, uma no Jornal do Brasil e outra na Última Hora, mostraram o presidente João Goulart entre o cardeal de São Paulo, d. Carlos Carmelo de Vasconcellos Motta, e o recém-nomeado arcebispo de Olinda e Recife, d. Helder Câmara, após um almoço no Palácio das Laranjeiras, no Rio.
Os três estavam sorridentes, o que levou os jornais a interpretar o encontro como uma demonstração de apoio da Igreja ao governo. O cardeal Motta presidia a Conferência Nacional dos Bispos do Brasil (CNBB) e d. Hélder era o secretário-geral. A tranquilidade era só aparente.O clima era tenso e todos se mostravam "aflitíssimos", segundo Marina Bandeira, secretária de d. Hélder, a quem ele relatou detalhes da conversa. Nada foi divulgado sobre a audiência, que havia sido solicitada pelo arcebispo de Recife, com a condição absoluto sigilo.
Nem garçom seria admitido na sala, depois de servido o almoço. A entrada de um fotógrafo da Secretaria de Imprensa da Presidência da República surpreendeu os bispos, que protestaram. Goulart alegou que seriam fotos para seu arquivo pessoal, mas determinou ou permitiu que fossem divulgadas. O historiador e teólogo padre José Oscar Beozzo conseguiu essas informações nos arquivos da CNBB.
Os bispos, segundo a secretária Marina Bandeira, tentaram convencer Goulart de que ele teria de dar novo rumo ao governo, se quisesse ser sustentado pelos militares. O presidente resistiu, pois acreditava no apoio do povo e no dispositivo de segurança montado pelo chefe da Casa Militar, general Assis Brasil. O almoço ocorreu entre os dias 22 e 24 de março, após o comício da Central no dia 13 e a Marcha da Família com Deus pela Liberdade do dia 19, no Rio. Na semana seguinte, conforme se previa pelos boatos e comentários sobre uma conspiração em andamento, as Forças Armadas se rebelaram e derrubaram o presidente.
A Igreja estava dividida. A maioria dos bispos aplaudia o movimento ou golpe militar contra a ameaça comunista, embora segmentos de organizações católicas, como os militantes da Ação Popular (AP), oriunda da Juventude Universitária Católica (JUC) e seus assessores religiosos, apoiassem Goulart e suas prometidas reformas de base. Grupos de esquerda da Igreja que dominavam as federações de trabalhadores, compartilhando os sindicatos com os comunistas, foram contra os militares, mas manifestos favoráveis à derrubada do regime tinham a assinatura dos Círculos Operários Católicos.
No dia 2 de abril, a Marcha da Família com Deus pela Liberdade mobilizou cerca de 500 mil em São Paulo. A multidão caminhou cantando e rezando, da Praça da República à Catedral da Sé, onde a manifestação terminou com a recitação do terço. Foi um ato organizado com o apoio do cardeal-arcebispo do Rio, d. Jaime de Barros Câmara, sem a aprovação do arcebispo local, o cardeal Motta. As marchas de abril, em ação de graças pelo sucesso do movimento militar, foram apoiadas também pelos arcebispos de outras capitais como d. Vicente Scherer em Porto Alegre e d. João de Resende Costa, em Belo Horizonte. Houve bispos, porém, como d. José Pedro Costa, de Caiteté (BA), que não participaram das marchas, embora tivessem apoiado antes o golpe contra a ameaça comunista.
O cardeal d. Jaime Câmara, que havia renunciado à presidência da CNBB em novembro de 1963, era um dos principais críticos do governo Goulart, que ele acreditava estar ligado aos comunistas de Luiz Carlos Prestes. O cardeal despejou a sede da CNBB do Palácio São Joaquim, onde morava. Mandou retirar dali também o Movimento de Educação de Base (MEB), depois de a polícia do governador da Guanabara, Carlos Lacerda, ter apreendido cinco mil cartilhas consideradas subversivas no local. Cortou as relações com d. Helder Câmara, seu bispo auxiliar, e pediu a remoção dele para outra diocese.
Mais ocupado com o Concílio Vaticano II, que realizava sua terceira sessão em Roma, d. Hélder deixou o Rio de lado, a conselho do núncio apostólico, d. Armando Lombardi, até ser nomeado arcebispo de Olinda e Recife
A dissidência interna na CNBB refletiu-se na política nacional, quando o episcopado tomou posição em relação ao golpe militar. Amigo pessoal do general Castello Branco, d. Helder foi conversar com ele, acompanhado dos arcebispos d. Eugenio de Araújo Sales, então administrador apostólico de Natal, e de d. Fernando Gomes, arcebispo de Goiânia. O encontro, ainda antes de Castello assumir a Presidência da República, amenizou o clima para o trabalho inicial de d. Hélder em Recife Participou da conversa também o general Justino Alves Bastos, comandante do IV Exército, no Nordeste.
Magoado com a realização da Marcha da Família, à sua revelia, no dia 2 de abril em São Paulo, o cardeal Motta transferiu-se para Aparecida, de cuja diocese era administrador apostólico. Deixou depois a presidência da CNBB e não voltou a Roma para as sessões seguintes do Concílio. Mineiro de Bom Jesus do Amparo, na região de Itabira, o cardeal era amigo do ex-presidente Juscelino Kubitschek e, a pedido dele, celebrou a missa de inauguração de Brasília, em 1960. Antes de abdicar à presidência da CNBB, d. Motta convocou uma reunião da Comissão Central da entidade, que em 29 de maio aprovou uma declaração, divulgada em 2 de junho, sobre a posição da Igreja em relação ao regime militar.
Nesse documento, os bispos aceitam e até justificam a deposição de Goulart, dão um crédito de confiança ao presidente Castello Branco e, por último, denunciam "acusação injuriosa" que estava sendo feita pelos militares contra membros da Igreja. Principais trechos da declaração:
-- "A Revolução. segundo afirmam seus dirigentes mais qualificados, teve a intenção de arrancar o País ao comunismo, e de fazer valer a justiças, o direito e o bom senso. Não há dúvida de que a ação militar deve consolidar a vitória, mediante o expurgo das causas da desordem. Entretanto, o critério da correção, os métodos a serem empregados na busca e no trato dos culpados, as medidas saneadoras e as penalidades não são atribuições da força, como tal, mas de outros valores, sem os quais a força não passaria de arbitrariedade , de violência de tirania. Que os acusados tenham o direito de defesa e não se transformem em objeto de ódio ou de vindita."
-- "Mercê de Deus, muito nos tem tranquilizado a palavra oficial, quer a do Comando Revolucionário, logo após a vitória, quer a do Senhor Presaidente da República, desde que, eleito pelo Congresso Nacional , assumiu toda a responsabilidade de Supremo Magistrado. Contudo, ao reconhecer as inevitáveis dificuldades do momento e as melhores intenções do governo, cumpre-nos declarar que não podemos concordar com a atitude de certos elementoss, que têm promovido mesquinhas hostilidades à Igrejas, na pessoa de bispos, sacerdotes, militantes leigos e fiéis."
-- "Reconhecemos e lamentamos que, até mesmo em movimentos de orientação católica, tenha havido facilidades e abusos por parte de um ou outro elemento que burlou nossa vigilância, ou de outros que foram vítimas do seu próprio idealismo, da falta de malícia ou de inadequada apreciação dos fatos..."
-- "Por outro lado, não aceitamos, nem jamais poderemos aceitar, a acusação injuriosa, generalizada ou gratuita, vela ou explícita, de que bispos, sacerdotes e fiéis, ou organizações, como, por exemplo, a AçãoCatólica ou o Movimento de Educação de Base (MEB), sejam comunistas ou comunizantes. Isto se deve, às vezes, à própria tática comunista, outras vezes a certos elementos inconformados com a atitude aberta e corajosa de verdadeiros apóstolos da Igreja, do clero e do laicato, que pregam a são doutrina, seja contra o comunismo, seja contra gritantes injustiças sociais e focos de corrupção e de degradação dos valores morais..."
O texto foi assinado por 23 integrantes da Comissão Central da CNBB, entre os quais os cardeais Motta e Jaime Câmara, d. Eugenio Sales, ainda administrador apostólico de Natal e d. Hélder Câmara. Parecia um bom começo para as relações da Igreja com o regime militar, que os bispos reconheciam como Revolução, mas esse clima de relativo bom entendimento não se manteve por muito tempo. A partir do Ato Institucional nº 5 (AI-5), de 13 de dezembro de 1968, a situação se deteriorou. Entre múltiplos incidentes, destacaram-se alguns bispos na divulgação de denúncias e acusações contra o regime. Entre eles, o cardeal-arcebispo de São Paulo, d. Paulo Evaristo Arns, o arcebispo de Olinda e Recife, d. Hélder Câmara, o bispo de Volta Redonda, d. Valdir Calheiros, e o bispo de Bauru, d. Cândido Padin, autor de um contundente documentosobre a Lei de Segurança Nacional.
A Igreja transformou-se em defensora dos direitos humanos, na luta contra a arbitrariedade, que se traduziu em censura à imprensas, prisões, torturas e mortes. Durante o governo do general Ernesto Geisel, com a mediação do chefe da Casa Civil, Golbery do Couto e Silva, os militares tiveram uma série de encontros secretos com bispos, entre os quais cardeais Arns e Eugenio Sales, então já arcebispo do Rio, em busca de um entendimento. As tensões, porém, perduraram até o fim da ditadura.
