A decisão, como era previsível, foi bastante criticada pelos judeus, que acusam Pio 12 de omissão durante o Holocausto. "Não queremos acreditar que os católicos vejam em Pio 12 um exemplo de moralidade e de humanidade", resumiu o rabino-chefe da França, Gilles Bernheim.
Para o Vaticano, o silêncio de Pio 12 na verdade foi uma estratégia para atuar nos bastidores em favor dos judeus. A Santa Sé considera que, se o papa tivesse contestado publicamente as ações genocidas dos nazistas, o assassinato poderia ter-se acelerado.
Uma das provas do envolvimento do papa no salvamento de judeus é a emissão, a seu pedido, de vistos para judeus europeus convertidos ao catolicismo entrarem no Brasil. No caso de judeus não convertidos, porém, não houve iniciativa semelhante.
Além disso, Pio 12 calou-se a respeito da Noite dos Cristais, primeiro pogrom contra os judeus alemães depois da ascensão dos nazistas, e recusou diversos apelos por socorro vindos das comunidades judaicas de várias partes da Europa. Limitava-se a pedir "paciência". Quando resolveu criticar as atrocidades nazistas, já nos anos 40, o papa nunca falou do caso específico dos judeus.
Enquanto os arquivos do Vaticano sobre o papado de Pio 12 estiverem fechados, porém, é pouco provável que se saiba a real extensão do papel desse pontífice, e todas as versões, inclusive as negativas, continuarão autorizadas.
