Apesar do placar estar 6 a 1 a favor da participação da PF, os ministros Rosa Weber e Luiz Roberto Barroso fizeram ressalvas quanto à independência da entidade no fechamento dos acordos. Em seus votos, alegaram que nas ações penais o órgão acusador é o MP. Logo, os acordos fechados pela PF teriam de passar previamente pelos procuradores.
Segovia, porém, teme que isso possa prejudicar provas colhidas inicialmente e até barrar a continuidade das investigações, com os procuradores argumentando com sua "independência funcional". Segundo ele, o ideal é que a PF possa negociar os acordos e enviar o resultado à justiça, que, na sentença, decidirá sobre provas e sobre benefícios concedidos aos delatores.
A esperança na cúpula da PF, que estava reunida nesta quarta-feira, 13/2, acompanhando o julgamento, é que os três ministros que irão votar no dia seguinte, Celso de Mello, Gilmar Mendes e a presidente, Carmen Lúcia, não endossem o que Segovia chama de "mitigação" do poder da PF fechar os acordos de delação.