Parece ficar cada vez mais claro para a comissão que a tortura não era cometida de forma isolada, por agentes do Estado que não se submetiam a ordens superiores e agiam por conta própria. O sociólogo Paulo Sérgio Pinheiro, um dos sete membro da comissão, tem dado declarações enfáticas a esse respeito: "A tortura foi uma política de Estado durante a ditadura militar no Brasil. As torturas, os desaparecimentos e os assassinatos não foram um excesso por parte de alguns grupos do Estado."
A comissão também investiga a origem dos fundos da Operação Bandeirantes, mais conhecida pela sigla Oban, uma força tarefa organizada em São Paulo, nos anos do regime militar, com a participação de agentes do Exército, da Polícia Civil e da Polícia Militar, para ações de repressão política. Embora utilizasse funcionários e instalações públicas, a operação contava com recursos originários de empresas.
A Oban foi a antecessora do Destacamento de Operações de Informações - Centro de Operações de Defesa Interna (DOI-Codi), que era vinculado diretamente ao comando do Exército e contava com a colaboração de policiais civis dedicados à repressão política, lotados no antigo Departamento de Ordem Política e Social (DOPS).
As relações entre a repressão e grupos empresariais foram abordadas no documentário Cidadão Boilesen, que focaliza o caso de Henning Boilesen. Dinamarquês naturalizado brasileiro, ele presidiu o grupo Ultra e é apontado como um dos financiadores da Oban, lembrada sobretudo pela violência de seus métodos. Em 1971, ele foi vítima de uma emboscada e morto por guerrilheiros.
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