Apenas o ministro José Antonio Toffoli votou a favor da libertação do governador, alegando que ele não poderia ter sido preso sem licença prévia da Câmara Legislativa, conforme prevê a Lei Orgânica do DF.
Os demais ministros seguiram o voto do relator, Marco Aurélio de Mello, que rejeitou o pedido. Durante cinco horas de julgamento, eles demonstraram como Arruda tentou obstruir as investigações da Operação Caixa de Pandora, que desvendou esquema de corrupção no governo do Distrito Federal.
O presidente do STF, Gilmar Mendes, que só vota em caso de empate, fez questão de se pronunciar. Ele seguiu a maioria, embora ressalvando que tinha mais "dúvida do que convicção" nesse caso. Pouco depois da prisão de Arruda, Mendes declarou que Brasília sofria "uma metástase institucional", devido ao envolvimento aparente de todas as esferas do poder no escândalo.
Contestando as alegações da defesa de que Arruda sequer foi ouvido no inquérito, em andamento no Superior Tribunal de Justiça (STJ), os ministros do STF destacaram que foi a tentativa de suborno de uma testemunha, o jornalista Edson "Sombra", que o levou à cadeia.
Para o tribunal, essa é a prova explícita de que Arruda tentou interferir na investigação para distorcer os fatos e comprometer a conclusão do inquérito. O ministro Cezar Peluso destacou que a prisão de Arruda se faz ainda mais necessária porque, no comando do Executivo, tendo controle sobre a Polícia Civil e a Militar, ele dispõe de todas as ferramentas para atrapalhar a atuação da PF e do Ministério Público.
Foi o que salientou a vice-procuradora-geral da República, Deborah Duprat, ao revelar a existência de novas provas da influência de Arruda nas investigações. Ela destacou que somente após a prisão do governador, policiais civis tiveram coragem de revelar outras situações em que o chefe do Executivo tentou obstruir o trabalho da PF e dos procuradores.
